Durante el período de gobierno de García Godoy sucedieron hechos de sangre que marcaron la transición de la guerra a un gobierno civil, entre ellos el ataque al Hotel Matún, de la ciudad de Santiago, las muertes de muchos combatientes que habían formado parte de los comandos constitucionalistas y el ametrallamiento de estudiantes frente al Palacio Nacional, los días 27 de septiembre de 1965 y 9 de febrero de 1966.
Al salir la comisión del Palacio a las diez de la mañana y cuando Romeo Llinas se dirigía a los estudiantes para explicar lo que estaba sucediendo en relación a la entrevista con el presidente, se inició el ametrallamiento. Miembros de la Policía y militares dispararon ráfagas y bombas lacrimógenas, con un saldo de tres estudiantes muertos y 40 heridos de balas. Otros tres y decenas de heridos murieron ese día en las calles de la ciudad en disturbios posteriores al acontecimiento.